El ex-Independiente abrió el marcador a los 9 minutos de juego y colocó también el 2-1 parcial mediante un tiro a los 21 del segundo tiempo.
Swansea empató a los 13 de la parte inicial a través del español Fernando Llorente y la visita cerró la cuenta a los 32 del complemento con gol de Raheem Sterling.
Con cinco goles, Agüero encabeza la tabla de máximos anotadores de la Premier junto al español Diego Costa (Chelsea) y a Michail Antonio (West Ham).
El «Kun», que lleva 11 en seis partidos jugados esta temporada, sumadas todas las competencias, no jugaba desde la tercera fecha cuando fue sancionado de oficio con tres partidos por aplicarle un codazo al defensor Winston Reid.
Desde entonces, se perdió dos juegos de Liga (el clásico con el United y ante Bournemouth) y tampoco pudo estar presente en otro juego ante Swansea, correspondiente a la Copa de la Liga.
El City también tuvo entre sus titulares al zaguero Nicolás Otamendi y contó con el ingreso del lateral derecho Pablo Zabalata en los 12 minutos finales.
Dirigido por el catalán Josep Guardiola, el equipo «ciudadano» cumple una campaña perfecta en la Premier: 18 puntos en seis fechas, con 18 goles a favor y apenas cinco en contra.
En tanto, Manchester United, con los argentinos Sergio Romero y Marcos Rojo sentados en el banco de suplentes, se repuso de dos derrotas seguidas en la Premier con una goleada sobre el campeón vigente Leicester por 4-1.
El partido se jugó en el estadio Old Trafford del Manchester United que dirige el portugués José Mourinho y los goles fueron anotados todos en el primer tiempo por Chris Smalling, el español Juan Mata, Marcus Rashford y el francés Paul Pogba.
El Leicester, que tuvo entre los suplentes al argentino Leonardo Ulloa (ex-San Lorenzo), descontó por intermedio de Demarai Gray en el segundo tiempo.
Resumen de la sexta fecha:
Sábado: Manchester United 4-Leicester City 1; Swansea City 1-Manchester City 3; Sunderland 2 (Defoe 2)-Crystal Palace 3 (Ledley, McArthur y Benteke); Stoke City 1 (Allen)-West Bromwich (Claudio Yacob) 1 (Rondón); Middlesbrough 1 (Gibson)-Tottenham Hotspur (Erik Lamela) 2 (Son 2); Liverpool 5 (Lallana, Milner 2, Mane y Coutinho)-Hull City 1 (Meyler); Bournemouth 1 (Stanislas)-Everton 0 y Arsenal 3 (Alexis Sánchez, Walcott y Özil)-Chelsea 0.
Posiciones: Manchester City 18 puntos; Tottenham Hotspur 14; Arsenal, Liverpool y Everton 13; Manchester United 12; Crystal Palace y Chelsea 10; West Bromwich 8; Watford, Leicester City, Hull City y Bournemouth 7; Southampton y Middlesbrough 5; Swansea City y Burnley 4; West Ham 3; Stoke City 2 y Sunderland 1.
